• De man van de hagelbuks-methode

    In de eerste helft van 2026 heb ik veel kennissen verloren. Ik moet het nu stellen zonder voormalige collega’s Widianarko, Posthumus, Schrama en Ernsting. Het is een onvermijdelijk gevolg van het feit dat je zelf ouder wordt maar het is verdrietig te zien dat twee van de vier jonger waren dan ik. Het proces speelt ook onder internationaal bekende wetenschappers zoals Desmond Morris, waar ik vorige keer over schreef. Een maand geleden was het de beurt aan Craig Venter, Amerikaanse pionier in het DNA-onderzoek die op 29 april op 79-jarige leeftijd overleed.

    Craig Venter had in de jaren negentig van de vorige eeuw een volledig nieuwe methode ontwikkeld om de genetische code van het DNA uit te lezen. Tot dan toe was het gangbaar om het genoom van een soort (al het DNA) per chromosoom uit te lezen. Je koos een locatie op het chromosoom en vandaar probeerde je letter voor letter verder te komen. Op deze manier was het Humane Genoomproject al jaren bezig met het genoom van de mens. De mens heeft 23 chromosomen en het genoom als geheel bestaat uit ruim 3 miljard letters, dus als je dat letter voor letter moet doen ben je een hele tijd bezig. Het project werd gestart in 1990 en men dacht er toen 15 jaar voor nodig te hebben.

    Maar eind jaren 90 kwam Craig Venter met zijn compleet nieuwe techniek. Hij knipte eerst het hele genoom aan stukken, las vervolgens al die stukken uit, in lukrake volgorde, en plakte de brokken vervolgens weer aan elkaar met behulp van een computerprogramma. Hij noemde het “whole genome shotgun sequencing” (hagelbuks-uitlezing van het hele genoom). Het is geen echte hagelbuks natuurlijk, het knippen gaat met enzymen of via schuren. Het werken met al die brokstukken doet een groot beroep op de computer, want die moet uit miljoenen fragmenten de complete genoomsequentie zien te reconstrueren.

    Deze nieuwe methode werkte veel sneller en om het te bewijzen deed Craig Venter eerst even het hele genoom van de fruitvlieg. In 1998 kondigde hij aan dat hij ook het menselijk genoom zou doen. Dat veroorzaakte veel onrust want hij werd gezien als een directe concurrent van het al lopende Humane Genoomproject. De concurrentie werd beslecht in een beroemde persconferentie, gehouden op 26 juni 2000, waarin onder leiding van president Bill Clinton de kemphanen bekend maakten dat ze het samen zouden doen. Op dat moment waren ze al flink gevorderd, maar pas in 2004 verklaarden ze dat het nu toch vrijwel compleet was. Toch bleven er nog steeds nieuwe vondsten komen. In 2005 ontdekte men bijvoorbeeld een heel stuk op chromosoom 1 met 22 genen die nog niet bekend waren. En deze genen bleken een cruciale functie te hebben bij de ontwikkeling van de hersenen! Pas in 2022 durfde men te zeggen dat het nu toch echt compleet was.

    De genoomrevolutie in de biologie is begonnen met Craig Venter. Maar de reden dat ik vooral zo enthousiast over hem ben geworden is dat hij zijn supersnelle DNA-methode ook toepaste op het milieu. Hij was van zijn onderzoek erg rijk geworden en verbleef geregeld aan boord van zijn zeevarend jacht. In de Sargassozee, een gebied dat op veel mensen een grote aantrekkingskracht uitoefent, nam hij af en toe een watermonster, isoleerde daaruit het DNA en ging dat decoderen in zijn laboratorium. Wat je dan ziet is het DNA van alle soorten die daar voorkomen, het zogenaamde “metagenoom”. Er kwam een ongelooflijke rijkdom aan informatie uit, allerlei onverwachte genen van bacteriën en virussen. De oceaan is veel rijker aan DNA dan we daarvoor dachten.

    Venters artikel over de Sargassozee verscheen in 2004. In datzelfde jaar heb ik hem gezien op een congres in Cancun, Mexico, waarvoor hij als hoofdspreker was uitgenodigd. Ik heb zelfs nog een kort gesprekje met hem gevoerd. Maar de vraag die ik hem had moeten stellen was natuurlijk: zit er ook paling-DNA in jullie gegevens? Pas later, toen ik te maken kreeg met de biologie van de paling, als voorzitter van Glasaal Volendam BV, werd die vraag voor mij belangrijk. Nog nooit heeft iemand de voortplanting van de Europese paling in het wild, in de Sargassozee, gezien. Wat zou het mooi zijn als je het paling-DNA in de Sargassozee zou vinden om de aanwezigheid van paling daar te bewijzen. Voor de Japanse paling is dat wel gelukt: die paait in de Stille Oceaan bij de Marianeneilanden. Wat stom dat ik die vraag niet gesteld heb! Ongetwijfeld had Craig Venter een van zijn medewerkers gevraagd om dat even uit te zoeken. Maar nu kan het niet meer. RIP Craig.

recente columns

2e druk: Het menselijk lichaam in 50 verhalen

Lees de geschiedenis van het menselijk lichaam: vijftig organen, van tenen tot prefrontale cortex, van balzak tot zwezerik. Wanneer zijn ze ontstaan, hoe zijn ze door evolutie veranderd en hoe werken ze? Maak kennis met het zoogdier, het reptiel, de vis en de worm in ons lichaam. Afwijkingen, ziektes en onhandigheden, ze hebben allemaal een evolutionaire achtergrond. Een nieuwe canon van de mens. Uitgeverij Balans/VU University Press, ISBN 978 94 638 2432 3, 304 pagina’s, € 26,95.

Recente columns

Eerstvolgende lezing

14 juni 2026
Evolutionaire onhandigheden in het menselijk lichaam

Lezing in het activiteitenprogramma van de Sebastianuskerk, Ilpendam

We hebben allemaal een lichaam, maar staan er zelden bij stil dat dit de erfenis in zich draagt van miljoenen jaren evolutie. Wat maakt bijvoorbeeld onze rug zo kwetsbaar? Wat is het nut van de balzak? Wat vertelt onze maag over ons voedsel? Waarom is bevallen voor mensen zo pijnlijk en ingewikkeld? Het antwoord op al deze vragen en nog veel meer ligt besloten in de evolutionaire geschiedenis.

Aanvang 13:00 uur, toegang is gratis, RK H. Sebastianuskerk, Dorpsstraat 58, 1452 PH Ilpendam

Nico van Straalen

info@nicovanstraalen.nl